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在今年的排名中，日本东京大学今年重登世界第20名，为亚洲唯一上榜世界二十强的大学。2016软科世界大学学术排名之日本大学完整榜单共有16所大学上榜！
2016软科世界大学学术排名之日本大学完整榜单
| 日本排名 | 世界排名 | 国家 | 学校 | Alumni指标得分 | Award指标得分 | HiCi指标得分 | N&S指标得分 | PUB指标得分 | PCP指标得分 |
| 1 | 20 | 日本 | 东京大学 | 36.3 | 25.3 | 30.8 | 47.5 | 70.0 | 29.7 |
| 2 | 32 | 日本 | 京都大学 | 31.6 | 37.2 | 27.1 | 31.5 | 58.4 | 23.8 |
| 3 | 72 | 日本 | 名古屋大学 | 29.0 | 25.3 | 20.5 | 17.9 | 44.2 | 24.8 |
| 4 | 96 | 日本 | 大阪大学 | 8.9 | 0.0 | 30.8 | 26.0 | 52.2 | 22.7 |
| 5 | 101-150 | 日本 | 东北大学(日本) | 14.5 | 0.0 | 14.5 | 20.6 | 50.2 | 21.0 |
| 6 | 151-200 | 日本 | 北海道大学 | 11.5 | 16.3 | 0.0 | 14.1 | 42.5 | 19.1 |
| 7 | 201-300 | 日本 | 九州大学 | 0.0 | 0.0 | 10.3 | 12.2 | 44.4 | 18.2 |
| 8 | 201-300 | 日本 | 东京工业大学 | 12.6 | 0.0 | 0.0 | 15.3 | 37.4 | 23.2 |
| 9 | 201-300 | 日本 | 筑波大学 | 0.0 | 19.6 | 0.0 | 11.4 | 35.8 | 16.5 |
| 10 | 301-400 | 日本 | 千叶大学 | 0.0 | 0.0 | 14.5 | 9.4 | 28.5 | 17.0 |
| 11 | 301-400 | 日本 | 庆应义塾大学 | 0.0 | 0.0 | 14.5 | 10.1 | 32.5 | 14.4 |
| 12 | 301-400 | 日本 | 冈山大学 | 0.0 | 0.0 | 14.5 | 9.9 | 28.0 | 13.5 |
| 13 | 401-500 | 日本 | 神户大学 | 14.5 | 0.0 | 0.0 | 10.3 | 31.3 | 15.6 |
| 14 | 401-500 | 日本 | 大阪市立大学 | 15.4 | 0.0 | 10.3 | 6.2 | 21.4 | 15.6 |
| 15 | 401-500 | 日本 | 东京科学大学 | 12.6 | 0.0 | 10.3 | 6.6 | 22.8 | 18.1 |
| 16 | 401-500 | 日本 | 早稻田大学 | 0.0 | 0.0 | 10.3 | 6.9 | 27.4 | 10.9 |
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